قيمة Ct كمقياس لكمية RNA الفيروس الموجودة.
في حالة الكشف المباشر عن SARS-CoV-2 عن طريق PCR ، يتم البحث عن أقسام معينة من RNA ، أي من الجينوم الفيروسي (المادة الوراثية للفيروس). ويشير اكتشاف SARS-CoV-2-RNA إلى الإصابة بفيروس SARS-CoV-2. تُستخدم قيمة Ct التي تم تحديدها أثناء اختبار PCR كمقياس لكمية الحمض النووي الريبي للفيروس الموجود في مادة العينة. تميز هذه القيمة (Cycle-threshold) دورة القياس في PCR في الوقت الحقيقي ، حيث تحدث زيادة أسية في إشارة القياس ،والتي عادة ما تكون ومضانا.
و كلما زادت قيمة Ct ، انخفض تركيز الفيروس في العينة التي تم فحصها بطريقة SARS-CoV-2-PCR ، تشير قيم Ct أكبر من 30 إلى تركيز منخفض للفيروس ، تشير قيم Ct أكبر من 35 إلى تركيز فيروس منخفض جدا في العينة.
أسباب النتائج ذات القيمة Ct العالية أو التركيز المنخفض للفيروس:
- تراجع الالتهاب ، على سبيل المثال في كنتيجة أو في سياق تحليل متابعة للمرضى الذين أصيبوا بفيروس SARS-CoV-2 لبعض الوقت
- أخذ العينات غير مثالي أو جيد وفي هذه الحالة يوصى بأخذ عينة جديدة
- المرضى المصابين بأمراض خطيرة والذين "هاجر" الفيروس لديهم بالفعل من منطقة الحلق إلى الرئتين وفي هذه الحالة من المفضل فحص الإفرازات التنفسية العميقة!
- العدوى بكمية صغيرة فقط من الفيروس
في العينات ذات التركيز المنخفض للغاية للفيروس ، غالبا ما يمكن اكتشاف جين واحد فقط من جيني SARS-CoV-2 المختبرين في تفاعل البوليميراز المتسلسل PCR.
قيمة Ct وارتباطها بالقدرة على العدوى
نظرا لأن الحمض النووي الريبي الفيروسي هو فقط ما يتم كشفه في تحليل PCR وليس الفيروس الكامل ، لا يمكن ربط اكتشاف SARS-CoV-2-RNA تلقائيا مع العدوى أو قابلية المريض للعدوى .
تعاملت بعض مجموعات العمل مع ارتباط كمية الجينوم الفيروسي (المقابل لكمية الفيروس) في مادة الاختبار وإمكانية زراعة الفيروسات الموجودة في العينة في مزرعة خلوية كمقياس للعدوى. يشير هذا العمل إلى وجود علاقة بين قيمة Ct وقابلية الزراعة.و يمكن أن تكون مفيدة في تقييم نتائج PCR.
من هذه التحقيقات ، يمكن اشتقاق القيم "الفاصلة" أو „cut-off“ في نطاق قيم Ct من 31 إلى 34 ، أي مع قيم Ct أكبر من 30، يمكن زراعة SARS-CoV-2 بشكل أقل تكرارا في مزارع الخلايا مقارنة بقيم Ct المنخفضة ويتم تصنيف عدوى المرضى المعنيين على أنها أقل. ومع ذلك ، ينبغي أن تؤخذ إمكانية أخذ العينات بشكل دون المستوى الأمثل في عين الاعتبار عند المرضى غير المعروفين سابقا باصابتهم عن طريق فحص إعادة الفحص على عينة جديدة